讲述了忍者神龟与蝙蝠侠跨时空相遇，他们本都是默默守护正义的使者。然而在铲除罪恶的过程中蝙蝠侠和忍者神龟产生了误解，经过一系列打斗后，解除彼此的误解，共同作战，守护城市的和平以及人们的安全。

繁华大都会美国纽约，邪恶领袖施莱德率领的大脚帮在城市内为非作歹，甚嚣尘上。安保公司老板埃里克·萨克斯（威廉·菲德内尔 William Fichtner 饰）推出最新安保系统，发誓维护城市的和平。第6频道女记者爱普尔·奥尼尔（梅根·福克斯 Megan Fox 饰）偶然拍到大脚帮被四名神秘侠客挫败的画面...全部

在打败了他们的老对手碎裂者之后，海龟们比以往任何时候都更需要，但拉斐尔、多纳泰罗和米开朗基罗已经变得迷失和没有方向。莱昂纳多奉武术大师和父亲形象的分裂大师之命，前往中美洲接受训练。多纳太罗和米开朗基罗在莱昂纳多不在的时候做起了小生意。与此同时，纽约市正在发生奇怪的事情。一支古老的生物大军威胁着要占领...全部