讲述了忍者神龟与蝙蝠侠跨时空相遇，他们本都是默默守护正义的使者。然而在铲除罪恶的过程中蝙蝠侠和忍者神龟产生了误解，经过一系列打斗后，解除彼此的误解，共同作战，守护城市的和平以及人们的安全。

电影讲述的是第二次世界大战太平洋战争重要转折点——中途岛海战：经此一役，日本海军受到“降维打击”，美日海上实力反转，从而扭转了整个太平洋战场的局势。影片通过参战士兵和飞行员一个个鲜活的故事，带领观众逐步进入1942年6月初发生在太平洋中途岛附近那场令人难以置信的战争……