朝屋彼方是一名热衷于制作 MV 的高中男生，有一天，他在街头现场表演中听到一首歌，便产生了为这首歌制作 MV 的强烈动机。然而，这首歌的演唱者却是放弃音乐事业的女教师织重夕……

14年前，初号机疑似神化第一形态的觉醒带来近三冲击，使世界发生前所未有的巨变。在此之后，葛城美里（三石琴乃 配音）等NERV旧部出走，成立了反抗seele和NERV的Wille。Wille授命明日香（宫村优子 配音）和真里（坂本真绫 配音）夺回被封印在卫星轨道上的初号机和碇真嗣（绪方惠美 配音），但...全部

莉子了解了她的出身真相，在这个过程中，围绕着她母亲死亡的谜团越来越深。 比以往任何时候都更加坚定地前往深渊底部的 Riko 和 Reg 离开 Ozen 的探索者营地，深入到危险的第三层——甚至更远的地方，深入到充满超自然生物、意想不到的盟友和致命敌人的深处。

成为“第三次冲击”元凶的碇真嗣，变得像废人一样……真嗣还能振作起来吗？2012年《福音战士新剧场版：Q》之后，这部动画讲述了被封印的故事的后续。